Le séquençage de la prochaine génération à l’aide de l’enrichissement des cibles révèle que les classifications sectorielles actuelles des Zanthoxylum besoin de revoir.

Vous pouvez écouter cet article sous forme de fichier audio.

L’histoire évolutive de Zanthoxylum plus complexe qu’on ne le pensait auparavant. Les recherches menées par Niklas Reichelt et ses collègues ne montrent que deux des cinq parties de celui-ci Zanthoxylum qui est monophylétique. L’étude suggère que l’enrichissement des cibles, une méthode qui n’augmente qu’une partie du génome, peut être utilisé pour analyser ce genre d’arbres très répandu.

Zanthoxylum piperitum. Image : Toile.

En séparant les génomes des plantes, les scientifiques peuvent déterminer comment cela se rapporte à d’autres plantes. Plus les similitudes génétiques sont proches, plus l’ancêtre commun est proche entre les plantes. Le séquençage de nouvelle génération a aidé les botanistes à établir bon nombre de ces relations. La plupart de ces projets n’ont pas fonctionné avec l’ensemble du génome. Au lieu de cela, les scientifiques se sont concentrés sur les parties du génome qui mettent l’accent sur les différences croissantes dans une plante. L’accent est précieux pour les botanistes car il ne nécessite pas beaucoup d’ADN, ce qui signifie qu’il fonctionne bien avec les échantillons d’herbier.

Zanthoxylum, souvent appelé frêne ou bois jaune, est un genre qui peut utiliser une certaine clarté. Il existe environ 225 espèces dispersées dans les tropiques du monde. Les mêmes groupes ont déjà fait plusieurs séquences sur les arbres, et certains des résultats étaient étonnants. Dans le cas de l’océan Pacifique Zanthoxylum plantes, le groupe monophylétique est apparu dans l’ensemble de données plastes mais polyphylétique dans l’ensemble de données nucléaires. En clair, il semble que ce soit le Pacifique Zanthoxylum vous avez un ancêtre commun, ou non, selon la façon dont vous le regardez.

Cette fois, les scientifiques ont utilisé l’enrichissement des cibles je Zanthoxylum. Ils voulaient tester s’ils pouvaient utiliser leur méthode pour Zanthoxylum Branche généalogique. Ils pourraient également l’utiliser comme comparaison pour évaluer leur précédente étude de séquence de Sanger. Finalement, ils voulaient voir s’ils pouvaient utiliser des lectures hors cible pour identifier les objectifs futurs.

L’équipe a identifié quatre rives, des groupes aux ancêtres communs : la couverture africaine, la Z. asiaticum couverture, couverture Asie-Pacifique-Australie et couverture Amérique-Asie de l’Est. L’équipe de l’usine d’Hawaï les a identifiés comme importants car ils peuvent avoir été associés à un événement d’hybridation précédent.

Les résultats montrent que Zanthoxylum les espèces doivent être reclassées, mais il est peut-être trop tôt pour le faire correctement, ont écrit Reichelt et ses collègues. « Une proposition formelle pour une nouvelle classification divisionnaire ou sous-générique est prématurée à ce stade, et l’échantillonnage des taxis, en particulier pour les espèces d’Amérique centrale et du Sud et de Chine, doit être considérablement augmenté dans les études futures. Cependant, les quatre grands clusters identifiés dans notre étude ont jeté les bases d’une classification sous-générique de celui-ci. Zanthoxylum. « 

ARTICLE DE RECHERCHE

Reichelt N, Wen J, Pätzold C, Appelhans MS. 2021. L’enrichissement de la cible améliore la solution phylogénétique dans le genre Zanthoxylum (Rutaceae) et montre des événements de tri et d’hybridation de doublure incomplets. Annales de botanique 128 : 497-510. https://doi.org/10.1093/aob/mcab092

Laisser un commentaire

Votre adresse e-mail ne sera pas publiée. Les champs obligatoires sont indiqués avec *