AuBuchon-Elder et ses collègues démontrent comment les botanistes peuvent utiliser des outils d’évaluation automatisés pour évaluer le risque d’extinction des espèces végétales et soulignent la nécessité d’efforts de numérisation accrus avant que les outils d’évaluation rapide puissent être utilisés avec succès dans de futurs projets de recherche.

La perte de biodiversité sur la planète est si importante que de nombreuses personnes l’ont considérée comme la sixième extinction de masse. , de peur qu’une espèce dans le besoin ne disparaisse avant d’avoir été évaluée. Taylor AuBuchon-Elder et ses collègues présentent une nouvelle approche pour évaluer le risque d’extinction des espèces végétales, en utilisant le critère B (Taille de l’aire de répartition géographique) de la Liste rouge et des outils d’évaluation automatisés tels que ConR et GeoCAT. Leur article, en Plantes Gens Planètemet en évidence certains des problèmes auxquels les biologistes sont confrontés avant qu’un triage numérique rapide des espèces vulnérables puisse avoir lieu.

Les auteurs se concentrent sur une tribu particulière de graminées appelée Andropogoneae, qui comprend le maïs, le sorgho, la canne à sucre et leurs parents sauvages. Les auteurs ont utilisé des données d’occurrence géoréférencées du Botanical Information & Ecology Network (BIEN), une base de données en ligne sur la biodiversité contenant des informations sur les plantes du monde entier. Ils ont ensuite effectué des évaluations individuelles pour chaque espèce de ce groupe avec deux logiciels – ConR et GeoCAT – tous deux recommandés par les critères de la Liste rouge de l’UICN pour la détermination de l’état de conservation. Cela leur a permis d’évaluer rapidement 1100 membres d’Andropogoneae sans avoir besoin d’une expertise approfondie ou des ressources habituellement requises lors de la conduite manuelle de ces types d’études.

Écosystèmes où les andropogonées sont naturellement présentes. Dans le sens des aiguilles d’une montre à partir du haut à gauche : (a) prairie en pente riveraine supérieure dans le sud de l’Arizona, États-Unis ; (b) des bois plats mésiques de pins des marais dans le centre de la Floride, aux États-Unis; (c) prairie à herbes hautes des basses terres à Flint Hills, Kansas, États-Unis; et (d) savane tropicale sèche dans le Territoire du Nord, Australie. Photos de Taylor AuBuchon-Elder.

L’une de leurs principales conclusions est que plus de 50% des espèces ne disposaient pas d’informations numérisées suffisantes pour une évaluation précise. Ce problème souligne l’importance d’accroître les efforts de numérisation avant que les agents de conservation puissent utiliser des outils d’évaluation rapide dans de futurs projets de recherche. La récompense d’un tel projet est que la méthode semble fonctionner. Les résultats ont montré un accord entre les deux méthodes d’analyse concernant la préoccupation la moins préoccupante (> 90 %) ou éventuellement menacée (< 10 %). Les résultats relatifs des cultures sauvages étaient également similaires, indiquant que l'automatisation des évaluations avec ConR pourrait être une stratégie viable à l'avenir si nous voulons accélérer notre processus de compréhension/évaluation afin que les biologistes puissent agir le plus tôt possible.

Un autre problème qu’AuBuchon-Elder et ses collègues ont découvert était l’organisation des données dont ils disposaient. Une montagne de données n’est bonne que si elle a été correctement cataloguée avant de commencer. Dans leur article, ils écrivent :

La réconciliation des noms et des synonymes était l’étape la plus longue du processus utilisé ici. Des outils plus robustes pour la récupération automatisée de la taxonomie actuellement acceptée bénéficieront directement à une évaluation rapide de la conservation. Les irrégularités taxonomiques sont inévitables dans tout grand clade et doivent être traitées, en particulier pour les espèces apparemment rares qui peuvent se faire passer pour des noms mal appliqués (ou simplement mal orthographiés). Le TNRS (Boyle et al., 2013) est un grand pas en avant vers l’automatisation, bien que la mise à jour la plus récente ait été publiée après que nous ayons en grande partie terminé la composante taxonomique de ce projet. BIEN R lui-même efface certaines erreurs taxonomiques mais nécessite toujours des vérifications supplémentaires pour les taxons qui ont plusieurs noms d’usage courant. Nous notons que l’évaluation préliminaire de la conservation repose sur une bonne taxonomie, mais peut se poursuivre même lorsque les limites des espèces sont en cours de réexamen.

AuBuchon-Ancien et coll. 2023.

Malgré ces problèmes, les botanistes ont montré que des outils d’évaluation automatisés tels que ConR et GeoCAT peuvent fournir efficacement des évaluations préliminaires de la conservation de grands groupes de plantes, même lorsqu’il s’agit d’espèces complexes comme les graminées Andropogoneae. Si le travail peut être orienté vers l’amélioration de l’accès aux archives que nous avons théoriquement déjà, alors les méthodes automatisées pourraient aider à accélérer considérablement les interventions de conservation à l’avenir.

LIRE L’ARTICLE

AuBuchon-Elder, T., Minx, P., Bookout, B. et Kellogg, EA (2023) « Évaluation de la conservation des plantes à l’échelle : Triage rapide des risques d’extinction, » Plantes, Personnes, Planète. Disponible sur : https://doi.org/10.1002/ppp3.10355.


* D’autres prétendent que c’est la septième en raison d’une extinction de masse récemment découverte et datée d’il y a 260 millions d’années.

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