Fatigué : se souvenir si ‘ACi_sol_C_1.xlsx’ ou ‘ACi_sol_D_v3.xlsx’ ont des estimations de paramètres correctes. Câblage : utilisation d’un code reproductible et évolutif pour analyser les données.

Le codage informatique devient une compétence de plus en plus importante dans la recherche biologique. Des scripts personnalisés écrits dans des langages de programmation permettent aux écophysiologistes des plantes de modéliser les processus des plantes et d’adapter les modèles aux données à l’aide de techniques statistiques avancées. Le codage permet des analyses cohérentes, reproductibles, transparentes et évolutives des données scientifiques, tout en minimisant les heures de travail humaines par rapport à l’utilisation de logiciels préemballés. Cependant, de nombreux écophysiologistes n’ont pas de formation officielle enregistrée. En conséquence, la plupart des analyses écophysiologiques publiées reposent toujours sur des méthodes basées sur des feuilles de calcul plutôt que sur du code informatique. Celles-ci sont souvent chronophages, subjectives et sujettes aux erreurs. Par exemple, des modifications cryptographiques dans les feuilles de calcul peuvent se produire au fil du temps sans enregistrement des modifications, ce qui peut exacerber les erreurs. De plus, les outils de tableur tombent souvent en panne, nécessitant l’utilisation d’une nouvelle feuille de calcul inchangée pour chaque analyse.

Stinziano a créé le package {photosynthèse} R. et al. suivant leurs huit principes de codage résilient. Crédit image : Stinziano et al.

Dans leur nouvel article Editor’s Choice publié dans AoBP, Stinziano et al. identifier huit principes pour aider les écophysiologistes des plantes avec peu d’expérience en programmation à écrire un code résilient. Ces principes sont démontrés par l’utilisation d’un nouveau progiciel R appelé {photosynthèse}. L’objectif de ces principes est de faire progresser les découvertes scientifiques en écologie végétale en facilitant l’utilisation du code pour la simulation et l’analyse des données, en reproduisant les résultats et en intégrant rapidement de nouveaux outils de compréhension biologique et d’analyse.

Stinziano et al.les principes de codage résilient couvrent (i) la nomenclature normalisée, (ii) la cohérence dans le style, (iii) la modularité/l’étendue accrues pour une édition et une compréhension plus faciles, (iv) l’évolutivité du code pour une application à de grands ensembles de données, (v) les événements de maintenance du code documentés, ( vi) la documentation pour faciliter la compréhension de l’utilisateur, (vii) des didacticiels complets et (viii) les tests unitaires et l’analyse comparative. Le package {photosynthèse} applique ces principes d’échange de gaz et d’ajustement et de modélisation de courbes hydrauliques. Les auteurs soulignent que la reproductibilité du code s’améliorera et qu’ils accepteront l’avancement des découvertes scientifiques, sans prescrire strictement la manière dont les écologistes végétaux devraient mener leur travail. En allant de l’avant en tant que communauté, Stinziano et al. soutiennent que nous devrions adopter un ensemble de principes et de directives de codage pour créer un code aussi flexible que la biologie que nous étudions. Ils disent : « Il sera plus facile pour les formateurs novices et les codeurs débutants d’apprendre, de comprendre et d’écrire du code pour le public ; et il sera plus facile d’adapter le code existant à nos projets. « 

Pour plus d’informations sur le package R {photosynthèse}, visitez le référentiel GitHub du package.

ARTICLE DE RECHERCHE

Stinziano, JR, Roback, C., Sargent, D., Murphy, BK, Hudson, PJ, Muir, CD, 2021. Principes de codage résilient pour un écologiste végétal. PLANS AoB. https://doi.org/10.1093/aobpla/plab059

Laisser un commentaire

Votre adresse e-mail ne sera pas publiée.