Le site Web Quantitative Plant est une base de données complète d’ensembles de données publics pour le phénotypage des plantes, des outils logiciels d’analyse d’images et des modèles pour les plantes.

Le site Web Quantitative Plant a été développé pour aider les chercheurs qui doivent analyser des plantes à trouver le bon ensemble de données d’images, l’outil ou le modèle mathématique pour leur recherche.

Ce qui était en 2013 uniquement une base de données d’analyse d’images végétales est devenu une base de données complète d’ensembles de données publiques pour le phénotypage des plantes, des outils logiciels d’analyse d’images et des modèles pour les plantes.

Maintenu par Guillaume Lobet et Clément Saint Cast, le site Web Quantitative Plant propose 180 outils logiciels d’imagerie, 31 jeux de données d’images et 101 modèles de plantes et de cultures en mars 2022.

Guillaume Lobet, professeur assistant en poste conjoint entre le Forschungszentrum Jülich et l’UCLouvain, est un passionné de plantes passionné par la science ouverte. Je lui ai demandé pourquoi.

« L’acquisition de jeux de données est un exercice long et (parfois) coûteux. Le partage public d’un ensemble de données peut réduire son coût tout en augmentant sa reproductibilité et son utilisation ultérieure. Les référentiels de données et l’essor des revues de données peuvent même aider à obtenir plus de citations. La reproductibilité est essentielle, c’est pourquoi non seulement les données doivent être ouvertes, mais également les logiciels et les modèles mathématiques. Les référentiels de code peuvent empêcher que les logiciels et outils académiques ne périssent après l’épuisement du financement et des incitations. Il offre plus de chances de maintenance à long terme grâce à la collaboration et peut aider au débogage du code et au contrôle de version. Au final, chaque étape du processus de recherche peut être ouverte et les outils pour le faire sont disponibles » explique Guillaume Lobet.

Dans quelle mesure le site Web Quantitative Plant est-il complet ? Si un outil est dans la sphère publique, il est curé manuellement par Guillaume Lobet et Clément Saint Cast. S’il manque quelque chose, ils acceptent les soumissions.

La base de données en ligne n’est pas seulement une liste d’outils et de modèles mathématiques. Chacune est présentée de manière concise dans un cadre cohérent et est décrite par ses caractéristiques générales (ex. partie de plante étudiée) et usages (ex. espèce étudiée). Ils sont référencés par un ou plusieurs articles scientifiques présentant leurs caractéristiques ou success stories.

Ces informations descriptives permettent aux utilisateurs d’interroger la base de données avec des mots clés ou de la parcourir avec des critères prédéfinis tels que le type d’organe à analyser, les mesures à effectuer, les espèces végétales, le type de licence et le système d’exploitation.

Une capture d'écran du site Web de Quantitative Plant.  L'en-tête affiche des liens vers des outils logiciels d'imagerie, des ensembles de données d'image et des modèles de plantes et de cultures en haut.  Il existe également des liens vers l'API, soumettre, à propos et citer le site Web.  Il existe 180 outils, 31 ensembles de données et 101 modèles actuellement archivés.  Il y a aussi une zone de texte pour effectuer des recherches.  Le sous-en-tête comporte des menus déroulants où l'organe de l'usine, les mesures, le système d'exploitation, le type de licence et le niveau d'automatisation peuvent être choisis.  En dessous, l'image comporte des cases pour une sélection de modèles, y compris leur nom, logo ou image représentative, type d'organe végétal, mesure, icônes représentant le système d'exploitation et année d'inclusion dans la base de données.

« Nous pensons qu’une ressource publique comme celle-ci fournira un moyen d’échanger et de communiquer sur le développement de nouveaux outils et modèles, mais facilitera également la collaboration et la connexion entre les communautés de la phénomique et de la modélisation. »


Pour une base de données complète d’ensembles de données publics pour le phénotypage des plantes, consultez le site Web Quantitative Plant à l’adresse https://www.quantitative-plant.org.

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